Netcdf4安装教程

本指南的目的在于实现netcdf4在个人PC或是服务器上的安装，主要实现功能是netcdf4中的数据压缩（Compression）功能，若需要其他功能，请参阅官方指南：Getting and Building netCDF。

所需安装包

实现Data Compression所必须的安装包只有四个

另：非必装：curl 7.18.0 or later (for DAP remote access client support)

安装步骤

注意：

编译器的选择，在 /.configure中需要进行相关配置，也可在其之前就进行配置。在本次安装过程中，所需的C编译器和fortran编译器分别为intel的icc和ifort。

如果不需要压缩功能，可以直接忽略1,2步骤

编译器设置

export CC=icc
export CXX=icpc
export CFLAGS='-O3 -xHost -ip -no-prec-div -static-intel'
export CXXFLAGS='-O3 -xHost -ip -no-prec-div -static-intel'
export F77=ifort
export FC=ifort
export FCLAGS='-O3 -xHost -ip -no-prec-div -static-intel'
export CPP='icc -E'
export CXXCPP='icpc -E'

zlib安装

ZDIR=/home/gaoxiao/software/zlib    #文件安装所在位置
mkdir ${ZDIR}
./configure --prefix=${ZDIR}
make check
make install

安装hdf5

H5DIR=/home/gaoxiao/software/hdf5
mkdir ${H5DIR}
./configure --with-zlib=${ZDIR} --prefix=${H5DIR} -enable-fortran -enable-cxx 
make check
make install

注意：

必须要有--with-zlib=${ZDIR}，否则会报错相关库文件找不到。
在个人PC机上安装时，可能会提示C++的注释方式不可用于IS90规范中，遇此错误，目前的解决方法是找到相关文件，将C++的注释方式//改为C的注释方式/* */，目前已知安装过程中有两个文件共两处需要修改。若是没有报错可以直接忽略此条注意事项。
HDF5相关配置选项

安装Netcdfc

NCDIR=/home/gaoxiao/software/netcdfc
mkdir ${NCDIR}
CPPFLAGS="-I${H5DIR}/include -I${ZDIR}/include" LDFLAGS="-L${H5DIR}/lib -L${ZDIR}/lib"  ./configure --prefix=${NCDIR} --enable-netcdf-4 --enable-largefile --disable-dap
make check
make install

注意：

目前服务器simulator2上安装的netcdf4，在配置时选择了--disable-netcdf4，如此安装不需要以上的2,3步骤，可以直接安装，导致的结果是无法使用netcdf4中的一些新特性如Compression等功能；
必须包含CPPFLAGS=-I${H5DIR}/include LDFLAGS=-L${H5DIR}/lib，否则报错提示相关文件找不到；
Netcdfc相关配置选项（网页中部位置）

Netcdf-fortran安装

NFDIR=/home/gaoxiao/software/netcdf_fortran
mkdir ${NFDIR}
export CPPFLAGS="-I${ZDIR}/include -I${H5DIR}/include -I${NCDIR}/include"
export LDFLAGS="-L${ZDIR}/lib -L${H5DIR}/lib -L${NCDIR}/lib"
export LD_LIBRARY_PATH=${NCDIR}/lib:${LD_LIBRARY_PATH}
CPPFLAGS=-I${NCDIR}/include LDFLAGS=-L${NCDIR}/lib ./configure --prefix=${NFDIR} --disable-fortran-type-check 
make check
make install

查看安装结果

首先，需要将相关路径加入到.bsharc文件中

export PATH=/home/gaox/App_gaox/netcdfc/bin:${PATH}
export PATH=/home/gaox/App_gaox/netcdfc/include:${PATH}
export PATH=/home/gaox/App_gaox/netcdfc/lib:${PATH}
export PATH=${PATH}:/home/gaox/App_gaox/netcdf_fortran/bin
export PATH=/home/gaox/App_gaox/hdf5/include:${PATH}
export PATH=/home/gaox/App_gaox/hdf5/lib:${PATH}
export PATH=/home/gaox/App_gaox/hdf5/bin:${PATH}
export LD_LIBRARY_PATH=$LD_LIBRARY_PATH:/home/App_gaox/netcdfc/lib
export LIBRARY_PATH=/home/gaox/App_gaox/netcdfc/lib/:$LIBRARY_PATH

然后，可以通过nc-config --all查看所安装的netcdf的状态

注意：不同配置选项最终结果可能不一样。